フォルダの中には7通くらいしかメールがないのですが「このフォルダのメールボックスは大きくなっています」とでます。これはどうしてでしょうか？

見た目が7通になっているだけで、実際には
移動、削除したメールのデータが残っています。
コンパクションを実行して、すっきりさせましょう。