作者様
いつもお世話になっております

職場のExchangeサーバで運用しておりますが
最近スレッド機能が働かないケースが増えて来たので
調べたところ、以下の事象がわかりました

◇ヘッダの References: が次のように
References:
<68B9589EE28B6C42978CE8016908DFC1098D9624@AEXU1003.●.●.co.jp>
（●は伏字です）
途中に改行を含むケースではスレッドの連結が行われない模様です
なお上記のようなヘッダを含むケースでも、Thunderbird と nPOP
ではスレッド連結が機能します

ご希望でしたらエビデンスも提供致しますので
メールアドレスまでご連絡下さい