マクロコマンドには私が調べたかぎりでは、
カレントフォルダ（OpenThisFolderでコンパクション直前に開いたフォルダ）
しかコンパクションする機能しかないと思われます。
アカウントをコンパクションするコマンドあればいいんですけど、、、
受信
├foo1
│ └foo3
└foo2
※foo1〜foo3はフォルダ
とある場合は
OpenThisFolder( "Account1\\受信.ctx" ) ; // 受信フォルダを開く
CompactCurrentFolder( ) ; // 現在のフォルダをコンパクション
OpenThisFolder( "Account1\\受信\\foo1.ctx" ) ; // 受信フォルダを開く
CompactCurrentFolder( ) ; // 現在のフォルダをコンパクション
OpenThisFolder( "Account1\\受信\\foo1\\foo3.ctx" ) ; // 受信フォルダを開く
CompactCurrentFolder( ) ; // 現在のフォルダをコンパクション
OpenThisFolder( "Account1\\受信\\foo2.ctx" ) ; // 受信フォルダを開く
CompactCurrentFolder( ) ; // 現在のフォルダをコンパクション
と、アカウントをコンパクションした場合は、
その中のすべてのフォルダに対してコンパクションを
実行しなければいけないと思います。