自己レスです。問題は、フォルダの故障だったようです。問題のフォルダは、以前大量受信したフォルダ名と同一の名前でして、「コンパクション」や「修正」といった修正を行ったのですが直ってなかったようです。別フォルダに受信したメールを移したところ正常にスレッド化されるようになりました。ありがとうございました。
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